A história da freguesia de Matosinhos entronca na do desaparecido Mosteiro de Bouças onde se venerou, durante séculos, a imagem do Bom Jesus de Bouças. No séc. XVI, face à ruína do mosteiro a imagem foi transferida para uma nova igreja que foi construída no lugar de Matosinhos. A sua construção iniciou-se em 1542 por iniciativa da Universidade de Coimbra a quem D. João III tinha concedido o padroado de Matosinhos. Para realizar esta obra foi inicialmente contratado João de Ruão, tendo a obra sido posteriormente completada por Tomé Velho.
No séc. XVIII a crescente importância da devoção ao Senhor de Bouças, particularmente entre aqueles que demandavam as terras do Brasil, vai levar à realização de grandes obras de ampliação da primitiva igreja, que ficaram a cargo do arquitecto italiano Nicolau Nasoni e que lhe deram a sua configuração actual.
Destacam-se, no séc. XVIII, as intervenções de Luís Pereira da Costa, famoso entalhador setecentista, a quem se devem as obras de remodelação e acrescento da capela-mor e as de Nicolau Nasoni para o restauro da igreja. A notável combinação de volumes, estruturas e pormenores da composição acentuam o aspecto cenográfico da fachada principal, desenhada de forma a acentuar a horizontalidade da construção e as características barrocas ao gosto nasoniano. São de admirar as duas torres sineiras, o frontão quebrado, a porta principal decorada com medalhão, no qual se insere uma concha de vieira e os dois nichos laterais que contêm as estátuas de S. Pedro e S. Paulo.
No espaço interior, dividido em três naves, destaca-se o imponente altar-mor de talha dourada, que integra na parte central um nicho com imagem de Cristo crucificado, atribuída ao século XII. Trata-se de uma escultura em madeira oca, com cerca de dois metros de altura e extremamente curiosa, dada a assimetria simbólica do olhar, já que o olho esquerdo se dirige para o Céu e o direito para a Terra, numa clara simbiose entre Deus e o Homem.
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